Kirsten là một diễn viên khá kín tiếng trước báo giới và cũng không mấy tai tiếng. Trước Melancholia, Kirsten thậm chí còn chưa từng có cảnh khoe thân nào trên màn ảnh - điều mà khá nhiều diễn viên khác làm nhằm sớm tạo được sự chú ý.

Kirsten nói về nụ hôn đầu tiên của cô trên màn ảnh, trong bộ phim Interview with the Vampire: The Vampire Chronicles với Brad Pitt và Tom Cruise: "Nó thật kinh khủng, và tôi ghét nó. Tôi coi Brad và Tom là những người anh trai, và việc đó cũng như là việc bạn hôn anh trai bạn vậy, thật kinh hãi". Đó là một trong những cảnh quay khá nổi tiếng và gây ấn tượng mạnh với khán giả: năm đó Kirsten mới 11, trong khi Tom đã 29 còn Brad cũng đã 22.

Năm 1995, ở tuổi 13, Kirsten Dunst đã được tạp chí People bình chọn trong danh sách 50 người đẹp nhất thế giới. Cô cũng được People đưa vào danh sách này vào các năm 2002, 2004, 2005, 2007 và 2009. Ngoài ra cô cũng góp mặt trong danh sách những ngôi sao cuốn hút nhất của nhiều tờ báo uy tín khác.

Dunst từng có thời gian hẹn hò với Jake Gyllenhaal (tháng 12 năm 2002 tới tháng 6 năm 2004). Sau đó, có tin đồn cô có mối quan hệ với tay guitar Johnny Borrell của ban nhạc Razorlight. Tới nay, Kirsten chưa từng kết hôn và vẫn đang độc thân.

Kirsten từng có một giai đoạn dài trầm cảm và căng thẳng và phải điều trị tâm lý tại bệnh viện Cirque Lodge ở Utah, Mỹ vào năm 2008. Tháng 3 năm đó, cô đồng ý nhận vai diễn trong All Good Things, trong lời quả quyết rằng cô "đã có thể hiểu rõ hơn về mọi cảm xúc của một người phụ nữ". Ngày 26 tháng 5, Kirsten Dunst đã tâm sự với trang E! Online rằng: "Tôi phải đấu tranh với chứng trầm cảm và tôi cần dưỡng sức khỏe, chăm sóc bản thân tại một nơi nào đó. Rất may là tôi đã tìm đúng nơi điều trị, gia đình và bạn bè tôi đều rất hài lòng với quyết định đó của tôi".